É importante antes de mais nada definir a causa do problema para que se possa atuar sobre o mecanismo que gera os sintomas. Diversos trabalhos científicos tem demonstrado que a fibromialgia é uma condição multifatorial, na qual existem manifestações não apenas físicas como também sinais de fadiga mental, insônia, ansiedade, mal funcionamento intestinal e tc. O uso indiscriminado de anti-depressivos e sedativos deve ser evitado, pois não agem na origem, mas apenas mascaram os sintomas.
A literatura é ampla em publicações que relacionam os mesmos sinais de fibromialgia, a outras condições, como a Síndrome da Fadiga Crônica (SFC), por exemplo. Nela existe um mau funcionamento das mitocôndrias, que são a "bateria" das células (local onde se produz energia). Dessa maneira, acredita-se que a falta de disposição, dores, fadiga, desânimo, depressão, angústia, falta de ar e outras manifestações podem estar relacionadas à falha no funcionamento desse mecanismo em células dos músculos, neurônio e outras partes do corpo.
Por esse motivo, o tratamento deve englobar uma avaliação completa oferecer um tratamento sistêmico para todo o indivíduo, que inclui não apenas remédios controlados; mas sim uma nutrição adequada, prática de exercícios orientados, uso de suplementos corretos, reforço da muscuatura, alívio das contraturas musculares, meditação, controle emocional, atitudes mentais postivas, e em alguns casos muito específicos podem ser usados por tempo definido tratamentos injetáveis. Há também artigos que mostram benefícios no alívio das dores com a aplicação de acupuntura, massagens, Reiki, e ondas de energia geradas por aparelhos, como é o caso das utilizadas no Instituto Regenius nos protocolos Orto-Laser, Wave-Regen e Magneto-Regen, por exemplo.